BYM311 - Biyoinformatik

BİLECİK ŞEYH EDEBALİ ÜNİVERSİTESİ

MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ

BİYOMÜHENDİSLİK

(2025 - 2026) Ders Bilgi Formu

Ders Adı	Kodu	Yarıyıl	T+U Saat	AKTS	Z / S
Biyoinformatik	BYM311	5	3 + 0	4,0	Zorunlu

Birim Bölüm	Biyomühendislik - Lisans (Yüz yüze eğitim, teorik anlatım, bilgisayar laboratuvarında uygulamalı çalışmalar, proje tabanlı öğrenme)
Amaç	Öğrencilere biyolojik verilerin bilgisayar ortamında analizi, moleküler biyoloji ve genetik verilerinin işlenmesi, protein ve DNA dizilimlerinin karşılaştırılması, filogenetik analiz, gen ekspresyon analizi ve yapısal biyoinformatik konularında temel bilgi ve beceri kazandırmak.
Ders İçeriği	Biyoinformatiğe giriş ve temel kavramlar Biyolojik veritabanları (NCBI, UniProt, PDB) Dizi hizalama algoritmaları (BLAST, FASTA) Çoklu dizi hizalama ve filogenetik ağaç oluşturma Protein yapı tahmin yöntemleri Gen ekspresyon analizi ve mikroarray teknolojisi Yeni nesil dizileme teknolojileri ve veri analizi Sistem biyolojisi ve ağ analizi Makine öğrenmesi uygulamaları
Ders Veren	Mesut IŞIK

Hafta	Konu
1	Biyoinformatiğe Giriş ve Temel Kavramlar
2	Moleküler Biyoloji Temelleri ve Biyoinformatik İlişkisi
3	Biyolojik Veritabanları (NCBI, GenBank)
4	Protein Veritabanları (UniProt, PDB)
5	Dizi Hizalama Algoritmaları - Temel Kavramlar
6	BLAST ve FASTA Uygulamaları
7	Çoklu Dizi Hizalama ve ClustalW
8	Ara Sınav ve Proje Konusu Belirleme
9	Filogenetik Ağaç Oluşturma Yöntemleri
10	Protein Yapı Tahmin Yöntemleri
11	Gen Ekspresyon Analizi ve Mikroarray
12	Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri
13	Biyoinformatikte Python/R Programlama
14	Proje Sunumları ve Değerlendirme

Program Çıktıları
1	Matematik, fen bilimleri ve biyomühendislik disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi, bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisi kazanır.
2	Biyomühendislik disiplinine özgü karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi kazanır.
3	Biyomühendislik disiplinine özgü karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlama becerisi; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi kazanır.
4	Biyomühendislik disiplinine özgü uygulamalarda karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern yeni teknikler, araçlar ve süreçler geliştirme, seçme ve kullanma becerisi; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanma becerisi kazanır.
5	Biyomühendislik disiplinine özgü karmaşık mühendislik problemlerinin veya biyomühendislik araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi kazanır.
6	Biyomühendislik disiplini içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilme becerisi; bireysel çalışma becerisi kazanır.
7	Türkçe sözlü ve yazılı, disiplinler arası etkin iletişim kurma becerisi; en az bir yabancı dil bilgisi; evrensel gelişmeleri takip edebilme becerisi, etkin rapor yazma ve yazılı raporları anlama, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilme, etkin sunum yapabilme, açık ve anlaşılır talimat verme ve alma becerisi kazanır.
8	Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilgiye erişebilme, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi kazanır.
9	Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında kendini geliştirir.
10	Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi; girişimcilik, yenilikçilik hakkında farkındalık; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi kazanır.
11	Biyomühendislik disiplinine özgü uygulamaların ulusal gereksinimler ve öncelikler kapsamında evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi; mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık sahibi olur.

Ders Öğrenme Çıktısı - Program Çıktıları (1 -5 Puan Aralığı)

Ders Öğrenme Çıktısı	PÇ 1	PÇ 2	PÇ 3	PÇ 4	PÇ 5	PÇ 6	PÇ 7	PÇ 8	PÇ 9	PÇ 10	PÇ 11
Biyoinformatik temel kavramlarını, tarihsel gelişimini ve uygulama alanlarını açıklayabilir	4	3	2	2	3	3	5	4	3	2	3
Biyolojik veritabanlarını (NCBI, UniProt, PDB, EMBL) etkin bir şekilde kullanarak veri sorgulama ve analiz yapabilir	4	5	4	3	4	3	3	4	4	5	3
DNA ve protein dizilerini hizalama algoritmalarını (BLAST, FASTA, ClustalW) kullanarak analiz edebilir	5	5	4	3	5	3	2	4	3	5	3
Filogenetik ağaçlar oluşturabilir ve evrimsel ilişkileri yorumlayabilir	5	5	3	4	5	3	3	4	4	4	3
Protein yapılarını modelleyebilir ve yapı-fonksiyon ilişkisini analiz edebilir	5	5	5	4	5	3	3	4	4	5	3
Ortalama Değer	4,6	4,6	3,6	3,2	4,4	3	3,2	4	3,6	4,2	3

https://ebs.bilecik.edu.tr/pdf/dersbilgigetir/391836