MBG5025 - İleri Biyoinformatik

BİLECİK ŞEYH EDEBALİ ÜNİVERSİTESİ

LİSANSÜSTÜ EĞİTİM ENSTİTÜSÜ

MOLEKÜLER BİYOLOJİ - YL

(2025 - 2026) Ders Bilgi Formu

Ders Adı	Kodu	Yarıyıl	T+U Saat	AKTS	Z / S
İleri Biyoinformatik	MBG5025		3 + 0	7,5	Seçmeli

Birim Bölüm	Moleküler Biyoloji - YL - Lisansüstü (Yüz yüze)
Amaç	Öğrencilerin filogenetik ağaçların karşılaştırılması , Yaşam Ormanında merkezi bir eğilim arayışı, Genomik Çağdaki Hayat Ağacı Krizi, Yaşam Ormanı'nın analizi için biyoinformatik pipeline, Hayat Ormanındaki Eğilimler, HGT (yatay gen transferi) olayları, tutarlı bir filogenetik sinyal içeren NUT'lar (yaklaşık evrensel ağaçlar), NUT'lar FOL'e (yaşam ormanına) karşı, Büyük ölçekli genomik değişikliklerin tarihini yeniden yapılandırmak: biyolojik sorular ve hesaplama zorlukları, Karşılaştırmalı genomik ve ata genomu rekonstrüksiyonu, Filogeni problemleri, Filogenetik tahmin: optimizasyon problemleri, sezgisel ve performans analizi gibi konuları öğrenmesi
Ders İçeriği	Filogenetik ağaçların karşılaştırılması , Yaşam Ormanında merkezi bir eğilim arayışı, Genomik Çağdaki Hayat Ağacı Krizi, Yaşam Ormanı'nın analizi için biyoinformatik pipeline, Hayat Ormanındaki Eğilimler, HGT (yatay gen transferi) olayları, tutarlı bir filogenetik sinyal içeren NUT'lar (yaklaşık evrensel ağaçlar), NUT'lar FOL'e (yaşam ormanına) karşı, Büyük ölçekli genomik değişikliklerin tarihini yeniden yapılandırmak: biyolojik sorular ve hesaplama zorlukları, Karşılaştırmalı genomik ve ata genomu rekonstrüksiyonu, Filogeni problemleri, Filogenetik tahmin: optimizasyon problemleri, sezgisel ve performans analizi

Hafta	Konu
1	Filogenetik ağaçların karşılaştırılması
2	Yaşam Ormanında merkezi bir eğilim arayışı,
3	Genomik Çağdaki Hayat Ağacı Krizi
4	Yaşam Ormanı'nın analizi için biyoinformatik pipeline
5	Hayat Ormanındaki Eğilimler
6	HGT (yatay gen transferi) olayları
7	Ara sınav
8	Tutarlı bir filogenetik sinyal içeren NUT'lar (yaklaşık evrensel ağaçlar)
9	NUT'lar FOL'e (yaşam ormanına) karşı
10	Büyük ölçekli genomik değişikliklerin tarihini yeniden yapılandırma
11	Biyolojik sorular ve hesaplama zorlukları
12	Karşılaştırmalı genomik ve ata genomu rekonstrüksiyonu
13	Filogeni problemleri
14	Filogenetik tahmin: optimizasyon problemleri, sezgisel ve performans analizi

Program Çıktıları
1	Uzmanlık Alanı ölçeğinde metot geliştirme yöntemlerini ve bilgi elde etme yöntemlerini sağlar.
2	Konu üzerine uygulama yapar.
3	Alanıyla ilgili literatür düzeyinde temel bilgiye sahip olur.
4	Sonuçlarını anlatabilir ve tartışabilir.
5	Özgün konular belirleyebilir.
6	Öğrenciler moleküler biyoloji, genetik ve biyoteknoloji ve ilgili alanlarda özgün teknik becerileri geliştirir ve laboratuarda bağımsız olarak çalışabilme yeteneği kazanır.
7	Öğrenciler omik ve rekombinant DNA teknolojilerinin avantajlarını, sınırlarını ve bunların problem çözümlemede nasıl kullanılacağını anlar.
8	Moleküler Biyoloji alanındaki kazanımlarını disiplinler arası çalışmalarda kullanma yetkinliğine sahiptir.
9	Proje tabanlı çalışma yönünde tutum geliştirir.
10	Akademik ve kültürel birikimi ile bilgi toplumu olma sürecine katkıda bulunur.
11	Bilgisayar ve bilişim teknolojilerini alan amaçları doğrultusunda ileri düzeyde kullanabilir.
12	Yaşam boyu öğrenmeye ilişkin olumlu tutum geliştirir.
13	Moleküler Biyoloji lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, bilgilerini ilgili bilim dallarında uzmanlık düzeyinde geliştirir.
14	Çalışma alanındaki konularda/uygulamalarda, evrensel ve toplumsal değerlere duyarlı, ülke çıkarlarını gözeten, araştıran, üreten, etik değerlere sahip bir bireydir.

Ders Öğrenme Çıktısı - Program Çıktıları (1 -5 Puan Aralığı)

Ders Öğrenme Çıktısı	PÇ 1	PÇ 2	PÇ 3	PÇ 4	PÇ 5	PÇ 6	PÇ 7	PÇ 8	PÇ 9	PÇ 10	PÇ 11	PÇ 12	PÇ 13	PÇ 14
Transkriptom Analizi ve kullanım amacını öğrenir. Dizi Hizalama ve Eşleştirme yapabilir.	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Üç Boyutlu Protein Analizi ve Protein mühendisliği hakkında bilgi sahibidir. Motif Analizi ve kullanım amacını bilir.	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Filogenetik Analiz Yöntemleri ve Algoritmalar hakkında bilgi sahibidir.	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Birlikte Türleşme Analizi ve Büyük ölçekli veri Setlerinin Analizi hakkında bilgi sahibidir.	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Güncel Biyoinformatik Yazılımları ve kullanım alanlarını bilir.	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Biyoinformatik veri tabanları ve amaca yönelik veri tabanı kullanımını öğrenir.	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Karşılaştırmalı Genomik Analiz Yöntemlerini öğrenir Gen Bulma ve Dijital Klonlama nedir ve nasıl yapılır öğrenir.	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Birlikte Türleşme Analizi ve Büyük ölçekli veri Setlerinin Analizi hakkında bilgi sahibidir.	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Güncel Biyoinformatik Yazılımları ve kullanım alanlarını bilir.	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Ortalama Değer	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

https://ebs.bilecik.edu.tr/pdf/dersbilgigetir/439437