EN
  • Anasayfa
  • BYM311 Biyoinformatik (2025 - 2026 / 5. Yarıyıl)
  • EN
BYM311 - Biyoinformatik
Ders Adı Kodu Yarıyıl T+U Saat AKTS Pdf
Biyoinformatik BYM311 5 3 + 0 4,0 Pdf
Birim Bölüm
BİYOMÜHENDİSLİK
Derece Seviye Lisans - Zorunlu - Türkçe
Dersin Verilişi Yüz yüze eğitim, teorik anlatım, bilgisayar laboratuvarında uygulamalı çalışmalar, proje tabanlı öğrenme
EBS Koordinatörü Doç. Dr. Mesut IŞIK Arş. Gör. Kevser Kübra KIRBOĞA
Ders Veren Doç. Dr. Mesut IŞIK
Amaç

Öğrencilere biyolojik verilerin bilgisayar ortamında analizi, moleküler biyoloji ve genetik verilerinin işlenmesi, protein ve DNA dizilimlerinin karşılaştırılması, filogenetik analiz, gen ekspresyon analizi ve yapısal biyoinformatik konularında temel bilgi ve beceri kazandırmak.

Ders İçeriği

Biyoinformatiğe giriş ve temel kavramlar Biyolojik veritabanları (NCBI, UniProt, PDB) Dizi hizalama algoritmaları (BLAST, FASTA) Çoklu dizi hizalama ve filogenetik ağaç oluşturma Protein yapı tahmin yöntemleri Gen ekspresyon analizi ve mikroarray teknolojisi Yeni nesil dizileme teknolojileri ve veri analizi Sistem biyolojisi ve ağ analizi Makine öğrenmesi uygulamaları

Ders Kaynakları Lesk, A. M. (2019). Biyoinformatiğe Giriş (5. Baskı). Oxford University Press
Pevsner, J. (2015). Biyoinformatik ve Fonksiyonel Genomik (3. Baskı). Wiley-Blackwell
Mount, D. W. (2004). Biyoinformatik: Dizi ve Genom Analizi (2. Baskı). Cold Spring Harbor Laboratory Press
Xiong, J. (2006). Temel Biyoinformatik. Cambridge University Press
Açıldığı Öğretim Yılı 2023-2024 2024 - 2025 2025 - 2026
Yarıyıl İçi Çalışmalar Katkı Yüzdesi (%)
Ara Sınav 1 30
Ödev (Sunum) 15
Uygulama 1 15
Toplam 60
Yarıyıl Sonu Çalışmalar Katkı Yüzdesi (%)
Final %40
Toplam %40
Yarıyıl İçinin Başarıya Oranı %60
Yarıyıl Sonu Çalışmalar %40
Toplam %100
Kategori Ders İlişki Yüzdeleri (%)
Aktarılabilir Beceri Dersleri
0
Beşeri, İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
0
Destek Dersleri
0
Ek Dersler
0
Kategori
0
Mesleki Seçmeli Dersler
0
Temel Meslek Dersleri
0
Uygulama Dersleri
0
Uzmanlık / Alan Dersleri
0
Yetkinlik Tamamlayıcı Ders
0
Ders İş Yükü Öğretim Metotlar / Öğretim Metodu Süresi (Saat) Sayısı Toplam İş Yükü (Saat)
Toplam İş Yükü (Saat) 0
AKTS = Toplam İş Yükü (Saat) / 25.5 (s) 0
AKTS 4,0
Hafta Konu Öğretim Metodu
1 Biyoinformatiğe Giriş ve Temel Kavramlar Ders
2 Moleküler Biyoloji Temelleri ve Biyoinformatik İlişkisi Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması
3 Biyolojik Veritabanları (NCBI, GenBank) Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması
4 Protein Veritabanları (UniProt, PDB) Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması Laboratuar
5 Dizi Hizalama Algoritmaları - Temel Kavramlar Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması Laboratuar
6 BLAST ve FASTA Uygulamaları Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması
7 Çoklu Dizi Hizalama ve ClustalW Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması
8 Ara Sınav ve Proje Konusu Belirleme Beyin Fırtınası Grup Çalışması Sözlü Öğrenci Topluluğu Faaliyetleri / Projeleri
9 Filogenetik Ağaç Oluşturma Yöntemleri Ders Benzetim Laboratuar
10 Protein Yapı Tahmin Yöntemleri Ders Gösterim Laboratuar
11 Gen Ekspresyon Analizi ve Mikroarray Ders Vaka Çalışması
12 Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri Ders Tartışmalı Ders
13 Biyoinformatikte Python/R Programlama Ders
14 Proje Sunumları ve Değerlendirme Ders Öğrenci Topluluğu Faaliyetleri / Projeleri
Ders Öğrenme Çıktısı Ölçme Değerlendirme Öğretim Metodu Öğrenme Faaliyeti
Biyoinformatik temel kavramlarını, tarihsel gelişimini ve uygulama alanlarını açıklayabilir Yazılı Sınav Ödev / Proje Ders Dinleme ve anlamlandırma
Biyolojik veritabanlarını (NCBI, UniProt, PDB, EMBL) etkin bir şekilde kullanarak veri sorgulama ve analiz yapabilir Yazılı Sınav Ödev / Proje Sunum / Seminer Ders Dinleme ve anlamlandırma
DNA ve protein dizilerini hizalama algoritmalarını (BLAST, FASTA, ClustalW) kullanarak analiz edebilir Yazılı Sınav Ödev / Proje Sunum / Seminer Ders Dinleme ve anlamlandırma
Filogenetik ağaçlar oluşturabilir ve evrimsel ilişkileri yorumlayabilir Yazılı Sınav Ödev / Proje Sunum / Seminer Ders Dinleme ve anlamlandırma
Protein yapılarını modelleyebilir ve yapı-fonksiyon ilişkisini analiz edebilir Yazılı Sınav Ödev / Proje Sunum / Seminer Ders Dinleme ve anlamlandırma
; ; ; ; ;
DERS ÖĞRENME ÇIKTISI
Biyoinformatik temel kavramlarını, tarihsel gelişimini ve uygulama alanlarını açıklayabilir 4 3 2 2 3 3 5 4 3 2 3
Biyolojik veritabanlarını (NCBI, UniProt, PDB, EMBL) etkin bir şekilde kullanarak veri sorgulama ve analiz yapabilir 4 5 4 3 4 3 3 4 4 5 3
DNA ve protein dizilerini hizalama algoritmalarını (BLAST, FASTA, ClustalW) kullanarak analiz edebilir 5 5 4 3 5 3 2 4 3 5 3
Filogenetik ağaçlar oluşturabilir ve evrimsel ilişkileri yorumlayabilir 5 5 3 4 5 3 3 4 4 4 3
Protein yapılarını modelleyebilir ve yapı-fonksiyon ilişkisini analiz edebilir 5 5 5 4 5 3 3 4 4 5 3
Ortalama Değer 4,6 4,6 3,6 3,2 4,4 3 3,2 4 3,6 4,2 3