| Ders Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | AKTS | |
| Biyoinformatik | BYM311 | 5 | 3 + 0 | 4,0 |
| Birim Bölüm | BİYOMÜHENDİSLİK |
| Derece Seviye | Lisans - Zorunlu - Türkçe |
| Dersin Verilişi | Yüz yüze eğitim, teorik anlatım, bilgisayar laboratuvarında uygulamalı çalışmalar, proje tabanlı öğrenme |
| EBS Koordinatörü | Doç. Dr. Mesut IŞIK Arş. Gör. Kevser Kübra KIRBOĞA |
| Ders Veren | Doç. Dr. Mesut IŞIK |
| Amaç |
Öğrencilere biyolojik verilerin bilgisayar ortamında analizi, moleküler biyoloji ve genetik verilerinin işlenmesi, protein ve DNA dizilimlerinin karşılaştırılması, filogenetik analiz, gen ekspresyon analizi ve yapısal biyoinformatik konularında temel bilgi ve beceri kazandırmak. |
| Ders İçeriği |
Biyoinformatiğe giriş ve temel kavramlar Biyolojik veritabanları (NCBI, UniProt, PDB) Dizi hizalama algoritmaları (BLAST, FASTA) Çoklu dizi hizalama ve filogenetik ağaç oluşturma Protein yapı tahmin yöntemleri Gen ekspresyon analizi ve mikroarray teknolojisi Yeni nesil dizileme teknolojileri ve veri analizi Sistem biyolojisi ve ağ analizi Makine öğrenmesi uygulamaları |
| Ders Kaynakları |
Lesk, A. M. (2019). Biyoinformatiğe Giriş (5. Baskı). Oxford University Press
Pevsner, J. (2015). Biyoinformatik ve Fonksiyonel Genomik (3. Baskı). Wiley-Blackwell Mount, D. W. (2004). Biyoinformatik: Dizi ve Genom Analizi (2. Baskı). Cold Spring Harbor Laboratory Press Xiong, J. (2006). Temel Biyoinformatik. Cambridge University Press |
| Açıldığı Öğretim Yılı | 2023-2024 2024 - 2025 2025 - 2026 |
| Yarıyıl İçi Çalışmalar | Katkı Yüzdesi (%) |
| Ara Sınav 1 | 30 |
| Ödev (Sunum) | 15 |
| Uygulama 1 | 15 |
| Toplam | 60 |
| Yarıyıl Sonu Çalışmalar | Katkı Yüzdesi (%) |
| Final | %40 |
| Toplam | %40 |
| Yarıyıl İçinin Başarıya Oranı | %60 |
| Yarıyıl Sonu Çalışmalar | %40 |
| Toplam | %100 |
| Kategori | Ders İlişki Yüzdeleri (%) |
|
Aktarılabilir Beceri Dersleri
|
0
|
|
Beşeri, İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
|
0
|
|
Destek Dersleri
|
0
|
|
Ek Dersler
|
0
|
|
Kategori
|
0
|
|
Mesleki Seçmeli Dersler
|
0
|
|
Temel Meslek Dersleri
|
0
|
|
Uygulama Dersleri
|
0
|
|
Uzmanlık / Alan Dersleri
|
0
|
|
Yetkinlik Tamamlayıcı Ders
|
0
|
| Ders İş Yükü | Öğretim Metotlar / Öğretim Metodu | Süresi (Saat) | Sayısı | Toplam İş Yükü (Saat) |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 0 | |||
| AKTS = Toplam İş Yükü (Saat) / 25.5 (s) | 0 | |||
| AKTS | 4,0 | |||
| Hafta | Konu | Öğretim Metodu |
|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatiğe Giriş ve Temel Kavramlar | Ders |
| 2 | Moleküler Biyoloji Temelleri ve Biyoinformatik İlişkisi | Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması |
| 3 | Biyolojik Veritabanları (NCBI, GenBank) | Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması |
| 4 | Protein Veritabanları (UniProt, PDB) | Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması Laboratuar |
| 5 | Dizi Hizalama Algoritmaları - Temel Kavramlar | Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması Laboratuar |
| 6 | BLAST ve FASTA Uygulamaları | Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması |
| 7 | Çoklu Dizi Hizalama ve ClustalW | Ders Tartışmalı Ders Grup Çalışması |
| 8 | Ara Sınav ve Proje Konusu Belirleme | Beyin Fırtınası Grup Çalışması Sözlü Öğrenci Topluluğu Faaliyetleri / Projeleri |
| 9 | Filogenetik Ağaç Oluşturma Yöntemleri | Ders Benzetim Laboratuar |
| 10 | Protein Yapı Tahmin Yöntemleri | Ders Gösterim Laboratuar |
| 11 | Gen Ekspresyon Analizi ve Mikroarray | Ders Vaka Çalışması |
| 12 | Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri | Ders Tartışmalı Ders |
| 13 | Biyoinformatikte Python/R Programlama | Ders |
| 14 | Proje Sunumları ve Değerlendirme | Ders Öğrenci Topluluğu Faaliyetleri / Projeleri |
| Ders Öğrenme Çıktısı | Ölçme Değerlendirme | Öğretim Metodu | Öğrenme Faaliyeti |
| Biyoinformatik temel kavramlarını, tarihsel gelişimini ve uygulama alanlarını açıklayabilir | Yazılı Sınav Ödev / Proje | Ders | Dinleme ve anlamlandırma |
| Biyolojik veritabanlarını (NCBI, UniProt, PDB, EMBL) etkin bir şekilde kullanarak veri sorgulama ve analiz yapabilir | Yazılı Sınav Ödev / Proje Sunum / Seminer | Ders | Dinleme ve anlamlandırma |
| DNA ve protein dizilerini hizalama algoritmalarını (BLAST, FASTA, ClustalW) kullanarak analiz edebilir | Yazılı Sınav Ödev / Proje Sunum / Seminer | Ders | Dinleme ve anlamlandırma |
| Filogenetik ağaçlar oluşturabilir ve evrimsel ilişkileri yorumlayabilir | Yazılı Sınav Ödev / Proje Sunum / Seminer | Ders | Dinleme ve anlamlandırma |
| Protein yapılarını modelleyebilir ve yapı-fonksiyon ilişkisini analiz edebilir | Yazılı Sınav Ödev / Proje Sunum / Seminer | Ders | Dinleme ve anlamlandırma |
DERS ÖĞRENME ÇIKTISI |
PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Biyoinformatik temel kavramlarını, tarihsel gelişimini ve uygulama alanlarını açıklayabilir | 4 | 3 | 2 | 2 | 3 | 3 | 5 | 4 | 3 | 2 | 3 | ;
| Biyolojik veritabanlarını (NCBI, UniProt, PDB, EMBL) etkin bir şekilde kullanarak veri sorgulama ve analiz yapabilir | 4 | 5 | 4 | 3 | 4 | 3 | 3 | 4 | 4 | 5 | 3 | ;
| DNA ve protein dizilerini hizalama algoritmalarını (BLAST, FASTA, ClustalW) kullanarak analiz edebilir | 5 | 5 | 4 | 3 | 5 | 3 | 2 | 4 | 3 | 5 | 3 | ;
| Filogenetik ağaçlar oluşturabilir ve evrimsel ilişkileri yorumlayabilir | 5 | 5 | 3 | 4 | 5 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 3 | ;
| Protein yapılarını modelleyebilir ve yapı-fonksiyon ilişkisini analiz edebilir | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 3 | 3 | 4 | 4 | 5 | 3 | ;
| Ortalama Değer | 4,6 | 4,6 | 3,6 | 3,2 | 4,4 | 3 | 3,2 | 4 | 3,6 | 4,2 | 3 |
