Üniversiteye ilk defa kayıt yaptıran öğrencilere uygulanan yabancı dil seviye tespit sınavından, en az 50 puan alan öğrenciler, temel yabancı dil derslerinden muaf olurlar. Ayrıca, ilgili kurullar tarafından belirlenen diğer derslerin muafiyet sınavlarından en az 50 puan alan öğrenciler de söz konusu derslerden muaf olurlar. Bu durumdaki öğrencilerin başarı notları için, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Lisans Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği’nin 23 üncü maddenin birinci fıkrasının (b) bendine göre işlem yapılır. Daha önce bir yükseköğretim programında örgün eğitimde öğrenci olarak kayıtlı olan ve Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi tarafından yapılan sınav ile Üniversiteye kayıt yaptıran öğrenciler, almış oldukları derslerden muafiyet isteğinde bulunabilir. Bunun için, öğrencilerin Üniversiteye ilk kayıt yaptırdıkları tarihten itibaren on beş gün içinde, not durum belgesi, ders içerikleri ve bir dilekçe ile ilgili dekanlığa/müdürlüğe başvurmaları gerekir. Öğrencilerin önceki yükseköğretim kurumunda başarılı oldukları ve eş değerliliği ilgili kurullar tarafından kabul edilen derslerden daha önce almış oldukları notlar, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Lisans Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği’nin 23 üncü maddesindeki esaslar çerçevesinde başarı notuna dönüştürülür. Muafiyetlerde karşılaşılan güçlükler nedeniyle, muafiyeti ifade eden notlar, harf notu olarak CC’ye dönüştürülür, kabul etmemeleri halinde o dersi/dersleri yeniden alırlar. Bu şekilde eş değerliliği kabul edilen ders sayısına göre, hangi sınıfa intibak yapılacağı ilgili mevzuat hükümleri çerçevesinde ilgili kurulların kararında belirtilir. Üniversiteye yatay geçiş yoluyla kayıt yaptıran öğrencilerin, önceki yükseköğretim kurumunda örgün eğitimde alıp başarılı oldukları ve eş değerliliği ilgili kurullar tarafından kabul edilen derslerden, daha önce almış oldukları notlar, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Lisans Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliğinin 23 üncü maddesindeki esaslar çerçevesinde başarı notuna dönüştürülür. Üniversiteye dikey geçiş yoluyla kayıt yaptıran öğrencilerin, eş değerliliği kabul edilen hangi derslerin intibakının yapılacağı, ilgili kurullar tarafından belirlenir. İntibak yapılan derslerden öğrencilerin daha önce örgün eğitimde almış oldukları notlar, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Lisans Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliğinin 23 üncü maddesindeki esaslar çerçevesinde başarı notuna dönüştürülür. Dikey geçiş ile lisans programlarına yerleşen ve halen kayıtlı olan öğrencilerin lisans not ortalamaları, önlisans programında alarak lisans programında intibakı yapılan dersler ile lisans eğitimi sırasında aldığı dersler üzerinden hesaplanır.