• Anasayfa
  • MBG420 Biyoinformatik II (2018 - 2019 / 8. Yarıyıl)
  • EN
MBG420 - Biyoinformatik II
Ders Adı Kodu Yarıyıl T+U Saat AKTS Pdf
Biyoinformatik II MBG420 8 2 + 2 5,0 Pdf
Birim Bölüm
MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK
Derece Seviye Lisans - Seçmeli - Türkçe
Dersin Verilişi Yüzyüze eğitim
EBS Koordinatörü Doç. Dr. İsmail POYRAZ
Ders Veren Doç. Dr. İsmail POYRAZ
Amaç

İnternet tabanlı biyolojik veribankalarını ve çeşitli biyoinformatik paket programlarını kullanmak ve uygulamalı olarak öğretmek

Ders İçeriği

Gen Bankaları ve genom projeleri,Yatay dizi hizalama ile örtüşen dizilerin bir araya getirlmesi, Moleküler bilgiler ile filogenetik analiz, Tahmini protein yapı analizleri.

Ders Kaynakları Lesk, A. M., (2002) Introduction to Bioinformatics Oxford University Pres.
Biyologlar için Biyoenformatik, Yazarlar:Pavel Pevzner, Ron Shamir, Çeviri editörü: Zeki Kaya, Nobel Akademik Yayıncılık, 2014.
Açıldığı Öğretim Yılı 2013 - 2014 2014 - 2015 2015 - 2016 2016 - 2017 2017 - 2018 2018 - 2019
Yarıyıl İçi Çalışmalar Katkı Yüzdesi (%)
Ara Sınav 1 30
Uygulama 1 20
Toplam 50
Yarıyıl Sonu Çalışmalar Katkı Yüzdesi (%)
Final %50
Toplam %50
Yarıyıl İçinin Başarıya Oranı %50
Yarıyıl Sonu Çalışmalar %50
Toplam %100
Kategori Ders İlişki Yüzdeleri (%)
Aktarılabilir Beceri Dersleri 0
Beşeri, İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri 0
Destek Dersleri 20
Ek Dersler 0
Kategori 0
Mesleki Seçmeli Dersler 0
Temel Meslek Dersleri 30
Uygulama Dersleri 0
Uzmanlık / Alan Dersleri 50
Ders İş Yükü Öğretim Metotlar / Öğretim Metodu Süresi (Saat) Sayısı Toplam İş Yükü (Saat)
Dinleme ve anlamlandırma, gözlem/durumları işleme Gösterim 1 14 14
Dinleme ve anlamlandırma, gözlem/durumları işleme, eleştirel düşünme, soru geliştirme, takım çalışması Beyin Fırtınası 1 14 14
Dinleme ve anlamlandırma, gözlem/durumları işleme, eleştirel düşünme, soru geliştirme Tartışmalı Ders 1 14 14
Önceden planlanmış özel beceriler Özel Destek / Yapısal Örnekler 1 7 7
Araştırma – yaşam boyu öğrenme, yazma, okuma, Bilişim, eleştirel düşünme, soru geliştirme, yönetsel beceriler, takım çalışması Grup Çalışması 1 14 14
Araştırma – yaşam boyu öğrenme, yazma, okuma, Bilişim Sınıf Dışı Çalışma 1 13 13
Dinleme ve anlamlandırma Ders 2 14 28
Ara Sınav 1 Ara Sınav 1 6 1 6
Uygulama 1 Uygulama 1 10 1 10
Final Final 10 1 10
Toplam İş Yükü (Saat) 130
AKTS = Toplam İş Yükü (Saat) / 25.5 (s) 5,10
AKTS
Hafta Konu Öğretim Metodu
1 Gen bankaları
2 Gen bankaları II
3 Genom projeleri I
4 Yatay dizi hizalama ile örtüşen dizilerin bir araya getirlmesi
5 Filogenetik analiz yöntemleri
6 Fenetik Ekol Veya Numerik Fenetik
7 Ara sınav
8 Mesafe Temelli Yöntemler
9 Kümelenme Temelli Algoritmalar, UPGMA(Unweighted Pair Group Method Algorithm), Neighbor-Joining (NJ),
10 En iyi durum (optimum) Temelli Yöntem
11 Karakter Temelli Yöntemler, Maximum Parsimony (MP)
12 Maximum Likelihood (ML), Bayesian inference
13 Proteinlerin tahmini sekonder yapı analizleri.
14 Üç boyutlu tahmini protein yapı analizleri.
Öğrenme Çıktısı Ölçme Değerlendirme Öğretim Metodu Öğrenme Faaliyeti
Moleküler bilgiler ile filogenetik analiz yapabilir
Tahmini protein yapı analizlerinin nasıl yapıldığını öğrenir.
Gen Bankalarını ve genom projelerini öğrenir.
Yatay dizi hizalama ile örtüşen dizilerin bir araya getirlmesi yöntemlerini öğrenir.
ÖĞRENME ÇIKTISI
PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9 PÇ 10 PÇ 11 PÇ 12
Moleküler bilgiler ile filogenetik analiz yapabilir - - - - - - - - - - - -
Tahmini protein yapı analizlerinin nasıl yapıldığını öğrenir. - - - - - - - - - - - -
Gen Bankalarını ve genom projelerini öğrenir. - - - - - - - - - - - -
Yatay dizi hizalama ile örtüşen dizilerin bir araya getirlmesi yöntemlerini öğrenir. - - - - - - - - - - - -