| Ders Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | AKTS | |
| Biyoinformatik II | MBG420 | 8 | 2 + 2 | 4,0 |
| Birim Bölüm | MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK |
| Derece Seviye | Lisans - Seçmeli - Türkçe |
| Dersin Verilişi | Yüzyüze eğitim |
| EBS Koordinatörü | Dr. Öğr. Üyesi Emrah KAYGUSUZ (Yıl: 2024 - 2025) |
| Ders Veren | |
| Amaç |
İnternet tabanlı biyolojik veribankalarını ve çeşitli biyoinformatik paket programlarını kullanmak ve uygulamalı olarak öğretmek |
| Ders İçeriği |
Gen Bankaları ve genom projeleri,Yatay dizi hizalama ile örtüşen dizilerin bir araya getirlmesi, Moleküler bilgiler ile filogenetik analiz, Tahmini protein yapı analizleri. |
| Ders Kaynakları |
Lesk, A. M., (2002) Introduction to Bioinformatics Oxford University Pres.
Biyologlar için Biyoenformatik, Yazarlar:Pavel Pevzner, Ron Shamir, Çeviri editörü: Zeki Kaya, Nobel Akademik Yayıncılık, 2014. |
| Açıldığı Öğretim Yılı | 2013 - 2014 2014 - 2015 2015 - 2016 2016 - 2017 2017 - 2018 2018 - 2019 2019 - 2020 2020 - 2021 2021 - 2022 2023-2024 |
| Yarıyıl İçi Çalışmalar | Katkı Yüzdesi (%) |
| Bu bilgi girilmemiştir. | |
| Toplam | 0 |
| Yarıyıl Sonu Çalışmalar | Katkı Yüzdesi (%) |
| Bu bilgi girilmemiştir. | |
| Toplam | %0 |
| Yarıyıl İçinin Başarıya Oranı | %0 |
| Yarıyıl Sonu Çalışmalar | %0 |
| Toplam | %0 |
| Kategori | Ders İlişki Yüzdeleri (%) |
|
Aktarılabilir Beceri Dersleri
|
0
|
|
Beşeri, İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
|
0
|
|
Destek Dersleri
|
0
|
|
Ek Dersler
|
0
|
|
Kategori
|
0
|
|
Mesleki Seçmeli Dersler
|
0
|
|
Temel Meslek Dersleri
|
0
|
|
Uygulama Dersleri
|
0
|
|
Uzmanlık / Alan Dersleri
|
0
|
|
Yetkinlik Tamamlayıcı Ders
|
0
|
| Ders İş Yükü | Öğretim Metotlar / Öğretim Metodu | Süresi (Saat) | Sayısı | Toplam İş Yükü (Saat) |
| Dinleme ve anlamlandırma | Ders | 2 | 14 | 28 |
| Araştırma – yaşam boyu öğrenme, yazma, okuma, Bilişim | Sınıf Dışı Çalışma | 4 | 14 | 56 |
| Önceden planlanmış özel beceriler | Problem Çözme | 1 | 14 | 14 |
| Gözlem/durumları işleme, Bilişim, yönetsel beceriler, takım çalışması | Laboratuar | 1 | 14 | 14 |
| Ara Sınav 1 | Ara Sınav 1 | 2 | 1 | 2 |
| Dönem Sonu Uygulaması | Dönem Sonu Uygulaması | 2 | 1 | 2 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 116 | |||
| AKTS = Toplam İş Yükü (Saat) / 25.5 (s) | 4,55 | |||
| AKTS | 4,0 | |||
| Hafta | Konu | Öğretim Metodu |
|---|---|---|
| 1 | Gen bankaları | |
| 2 | Gen bankaları II | Tartışmalı Ders Gösterim |
| 3 | Genom projeleri | Tartışmalı Ders Beyin Fırtınası Gösterim Benzetim |
| 4 | Yatay dizi hizalama ile örtüşen dizilerin bir araya getirilmesi | Tartışmalı Ders Gösterim Grup Çalışması |
| 5 | Filogenetik analiz yöntemleri | |
| 6 | Fenetik Ekol Veya Numerik Fenetik | |
| 7 | Ara sınav | Problem Çözme |
| 8 | Mesafe Temelli Yöntemler | |
| 9 | Kümelenme Temelli Algoritmalar, UPGMA(Unweighted Pair Group Method Algorithm), Neighbor-Joining (NJ) | Tartışmalı Ders Gösterim Benzetim |
| 10 | En iyi durum (optimum) Temelli Yöntem | Tartışmalı Ders Gösterim Benzetim |
| 11 | Karakter Temelli Yöntemler, Maximum Parsimony (MP) | |
| 12 | Maximum Likelihood (ML), Bayesian inference | Tartışmalı Ders Gösterim Benzetim |
| 13 | Proteinlerin tahmini sekonder yapı analizleri | Tartışmalı Ders Gösterim Benzetim |
| 14 | Üç boyutlu tahmini protein yapı analizleri | Tartışmalı Ders Beyin Fırtınası Gösterim Benzetim |
| Ders Öğrenme Çıktısı | Ölçme Değerlendirme | Öğretim Metodu | Öğrenme Faaliyeti |
| Tahmini protein yapı analizlerinin nasıl yapıldığını öğrenir. | |||
| Yatay dizi hizalama ile örtüşen dizilerin bir araya getirlmesi yöntemlerini öğrenir. | |||
| Moleküler bilgiler ile filogenetik analiz yapabilir | |||
| Gen Bankalarını ve genom projelerini öğrenir. |
DERS ÖĞRENME ÇIKTISI |
PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ | PÇ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tahmini protein yapı analizlerinin nasıl yapıldığını öğrenir. | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 2 | 3 | 3 | 2 | 3 | ;
| Yatay dizi hizalama ile örtüşen dizilerin bir araya getirlmesi yöntemlerini öğrenir. | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 2 | 3 | 3 | 2 | 3 | ;
| Moleküler bilgiler ile filogenetik analiz yapabilir | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 2 | 3 | 3 | 2 | 3 | ;
| Gen Bankalarını ve genom projelerini öğrenir. | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 2 | 3 | 3 | 2 | 3 | ;
| Ortalama Değer | 4 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 2 | 3 | 3 | 2 | 3 |
