| Ders Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | AKTS | |
| Genom Analizi | MBG5046 | 3 + 0 | 7,5 |
| Birim Bölüm | MOLEKÜLER BİYOLOJİ - YL |
| Derece Seviye | Lisansüstü - Seçmeli - Türkçe |
| Dersin Verilişi | Yüz yüze |
| EBS Koordinatörü | Dr. Öğr. Üyesi Emrah KAYGUSUZ |
| Ders Veren | |
| Amaç |
1- Biyoinformatik program, veri tabanları, dosya formatları ve kullanımı hakkında bilgi vermek; Karşılaştırmalı Genomik Analiz Yöntemlerini öğretmek; Gen Bulma, Sekans Hizalama ve Eşleştirme, Üç Boyutlu Protein Analizi, Motif Analizi, Filogenetik Analiz Yöntemleri ve Algoritmalar hakkında bilgi vermek. 2- Genetik hastalıkların tanısında ve genom analizinde kullanılan yeni nesil yöntemlerin çalışma prensiplerini öğrenmeleri. 3- Alanları ile ilgili problemlere bu teknikleri kullanarak çözüm oluşturabilmeleri için gerekli bilgi donanımının oluşturulması ve bu tür araştırmaları bağımsız yürütebilmeleri için bir temel oluşturulması hedeflenmektedir. |
| Ders İçeriği |
Dersin tanımı ve biyoinformatik ile ilgili genel kavramlar Biyolojik veritabanları Kullanılacak programları ve dosya formatlarını tanıma Biyoinformatik veri tabanları ve amaca yönelik veri tabanı kullanımı Sekans Hizalama Üç Boyutlu Protein Analizi Moleküler Filogenetik Analiz Genom Haritalama ve Bağlan Analizi, tanımlamalar, kullanılan araçlar prensipler Genom analiz teknolojilerinin gelişimi, Yeni Nesil Genom Analiz Teknolojileri-Prensipleri, yararları, umutlar DNA ve Genom Sekanslama Yöntemleri , Yeni Nesil Genom Analiz Teknolojileri-Nanopore Teknolojisi, Illumina Sistemi Genom hastalık ilişkisi Araştırma sonuçlarının yorumlanması ve raporlanması Seçilen makalelerin öğrenciler ile birlikte tartışılması -1 Seçilen makalelerin öğrenciler ile birlikte tartışılması -2 |
| Ders Kaynakları |
Genomik Analiz İçin Biyoinformatik Yöntemler, Muhammet Şakiroğlu, Palme Yayınevi
Biyologlar için Biyoenformatik, Pavel Pevzner ve Ron Shamir, Çeviri editörü: Zeki Kaya, Cambridge University Press Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction, T.A. Brown, WILEY Blackwell Genomik Analiz İçin Biyoinformatik Yöntemler, Muhammet Şakiroğlu, Palme Yayınevi Biyologlar için Biyoenformatik, Pavel Pevzner ve Ron Shamir, Çeviri editörü: Zeki Kaya, Cambridge University Press Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction, T.A. Brown, WILEY Blackwell |
| Açıldığı Öğretim Yılı | 2023-2024 |
| Yarıyıl İçi Çalışmalar | Katkı Yüzdesi (%) |
| Bu bilgi girilmemiştir. | |
| Toplam | 0 |
| Yarıyıl Sonu Çalışmalar | Katkı Yüzdesi (%) |
| Bu bilgi girilmemiştir. | |
| Toplam | %0 |
| Yarıyıl İçinin Başarıya Oranı | %0 |
| Yarıyıl Sonu Çalışmalar | %0 |
| Toplam | %0 |
| Kategori | Ders İlişki Yüzdeleri (%) |
|
Aktarılabilir Beceri Dersleri
|
0
|
|
Beşeri, İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
|
0
|
|
Destek Dersleri
|
0
|
|
Ek Dersler
|
0
|
|
Kategori
|
0
|
|
Mesleki Seçmeli Dersler
|
0
|
|
Temel Meslek Dersleri
|
0
|
|
Uygulama Dersleri
|
0
|
|
Uzmanlık / Alan Dersleri
|
0
|
|
Yetkinlik Tamamlayıcı Ders
|
0
|
| Ders İş Yükü | Öğretim Metotlar / Öğretim Metodu | Süresi (Saat) | Sayısı | Toplam İş Yükü (Saat) |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 0 | |||
| AKTS = Toplam İş Yükü (Saat) / 25.5 (s) | 0 | |||
| AKTS | 3,0 | |||
| Hafta | Konu | Öğretim Metodu |
|---|---|---|
| 1 | Dersin tanımı ve biyoinformatik ile ilgili genel kavramlar | Ders |
| 2 | Kullanılacak programları ve veritabanlarını tanıma | Ders |
| 3 | Genom analiz teknolojilerinin gelişimi | Ders |
| 4 | Genom Haritalama ve Bağlantı Analizi, tanımlamalar | Ders |
| 5 | Gen Haritalaması ve Bağlantı Analizi, kullanılan araçlar, prensipler | Ders |
| 6 | DNA ve Genom Sekanslama Yöntemleri | Ders |
| 7 | Genlerin Keşfi,Genlerin dizi analiz datalarından tanımlanması, Tam uzunluklu cDNA oluşturma, | Ders |
| 8 | Yeni Nesil Genom Analiz Teknolojileri-Prensipleri, yararları, umutlar | Ders |
| 9 | Yeni Nesil Genom Analiz Teknolojileri-Illumina Sistemi | Ders |
| 10 | Yeni Nesil Genom Analiz Teknolojileri-Nanopore Teknolojisi | Ders |
| 11 | Genom hastalık ilişkisi | Ders |
| 11 | Araştırma sonuçlarının yorumlanması ve raporlanması | Ders |
| 11 | Araştırma sonuçlarının yorumlanması ve raporlanması | Ders |
| 13 | Seçilen makalelerin öğrenciler ile birlikte tartışılması | Ders Tartışmalı Ders |
| 14 | Seçilen makalelerin öğrenciler ile birlikte tartışılması 2 | Ders Tartışmalı Ders |
| Ders Öğrenme Çıktısı | Ölçme Değerlendirme | Öğretim Metodu | Öğrenme Faaliyeti |
| Genomik araştırmalarda kullanılan yöntemleri bilir ve literatürden okuyarak anlayabilir ve yorumlayabilir. | Yazılı Sınav | Tartışmalı Ders | Dinleme ve anlamlandırma, gözlem/durumları işleme, eleştirel düşünme, soru geliştirme |
| Mutasyonların moleküler düzeyde tanımlanmasına ve araştırılmasına olanak sağlayan yöntemleri bilir. | Yazılı Sınav | Gösterim | Dinleme ve anlamlandırma, gözlem/durumları işleme |
| Veri bankalarından yararlanılarak bilgisayar genetiği yöntemleriyle genomların analizi ve bunların birbirleriyle karşılaştırılması | Ödev / Proje | Gösterim | Dinleme ve anlamlandırma, gözlem/durumları işleme |
DERS ÖĞRENME ÇIKTISI |
PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Genomik araştırmalarda kullanılan yöntemleri bilir ve literatürden okuyarak anlayabilir ve yorumlayabilir. | 5 | 5 | 3 | 5 | 3 | 1 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 1 | 2 | ;
| Mutasyonların moleküler düzeyde tanımlanmasına ve araştırılmasına olanak sağlayan yöntemleri bilir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Veri bankalarından yararlanılarak bilgisayar genetiği yöntemleriyle genomların analizi ve bunların birbirleriyle karşılaştırılması | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Ortalama Değer | 1,67 | 1,67 | 1 | 1,67 | 1 | 0,33 | 1 | 1 | 0,67 | 1 | 1 | 1 | 0,33 | 0,67 |
