| Ders Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | AKTS | |
| İleri Biyoinformatik | MBG5025 | 3 + 0 | 7,5 |
| Birim Bölüm | MOLEKÜLER BİYOLOJİ - YL |
| Derece Seviye | Lisansüstü - Seçmeli - Türkçe |
| Dersin Verilişi | Yüz yüze |
| EBS Koordinatörü | Prof. Dr. İsmail POYRAZ |
| Ders Veren | |
| Amaç |
Öğrencilerin filogenetik ağaçların karşılaştırılması , Yaşam Ormanında merkezi bir eğilim arayışı, Genomik Çağdaki Hayat Ağacı Krizi, Yaşam Ormanı'nın analizi için biyoinformatik pipeline, Hayat Ormanındaki Eğilimler, HGT (yatay gen transferi) olayları, tutarlı bir filogenetik sinyal içeren NUT'lar (yaklaşık evrensel ağaçlar), NUT'lar FOL'e (yaşam ormanına) karşı, Büyük ölçekli genomik değişikliklerin tarihini yeniden yapılandırmak: biyolojik sorular ve hesaplama zorlukları, Karşılaştırmalı genomik ve ata genomu rekonstrüksiyonu, Filogeni problemleri, Filogenetik tahmin: optimizasyon problemleri, sezgisel ve performans analizi gibi konuları öğrenmesi |
| Ders İçeriği |
Filogenetik ağaçların karşılaştırılması , Yaşam Ormanında merkezi bir eğilim arayışı, Genomik Çağdaki Hayat Ağacı Krizi, Yaşam Ormanı'nın analizi için biyoinformatik pipeline, Hayat Ormanındaki Eğilimler, HGT (yatay gen transferi) olayları, tutarlı bir filogenetik sinyal içeren NUT'lar (yaklaşık evrensel ağaçlar), NUT'lar FOL'e (yaşam ormanına) karşı, Büyük ölçekli genomik değişikliklerin tarihini yeniden yapılandırmak: biyolojik sorular ve hesaplama zorlukları, Karşılaştırmalı genomik ve ata genomu rekonstrüksiyonu, Filogeni problemleri, Filogenetik tahmin: optimizasyon problemleri, sezgisel ve performans analizi |
| Ders Kaynakları |
Biyologlar için Biyoenformatik, Yazarlar: Pavel PEVZNER, Ron SHAMIR; Çeviri editörleri: Zeki KAYA, Aslı ÖZDİLEK vd., NOBEL Akademik Yayıncılık,, 2014
Biyoinformatik Ders Notları. Biyoinformatik alanında uluslararası internet veri tabanları. Biyologlar için Biyoenformatik, Yazarlar: Pavel PEVZNER, Ron SHAMIR; Çeviri editörleri: Zeki KAYA, Aslı ÖZDİLEK vd., NOBEL Akademik Yayıncılık,, 2014 Biyoinformatik Ders Notları. Biyoinformatik alanında uluslararası internet veri tabanları. |
| Açıldığı Öğretim Yılı | 2020 - 2021 2021 - 2022 |
| Yarıyıl İçi Çalışmalar | Katkı Yüzdesi (%) |
| Bu bilgi girilmemiştir. | |
| Toplam | 0 |
| Yarıyıl Sonu Çalışmalar | Katkı Yüzdesi (%) |
| Bu bilgi girilmemiştir. | |
| Toplam | %0 |
| Yarıyıl İçinin Başarıya Oranı | %0 |
| Yarıyıl Sonu Çalışmalar | %0 |
| Toplam | %0 |
| Kategori | Ders İlişki Yüzdeleri (%) |
|
Aktarılabilir Beceri Dersleri
|
0
|
|
Beşeri, İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
|
0
|
|
Destek Dersleri
|
0
|
|
Ek Dersler
|
0
|
|
Kategori
|
0
|
|
Mesleki Seçmeli Dersler
|
0
|
|
Temel Meslek Dersleri
|
0
|
|
Uygulama Dersleri
|
0
|
|
Uzmanlık / Alan Dersleri
|
0
|
|
Yetkinlik Tamamlayıcı Ders
|
0
|
| Ders İş Yükü | Öğretim Metotlar / Öğretim Metodu | Süresi (Saat) | Sayısı | Toplam İş Yükü (Saat) |
| Dinleme ve anlamlandırma | Ders | 3 | 14 | 42 |
| Araştırma – yaşam boyu öğrenme, yazma, okuma, Bilişim | Sınıf Dışı Çalışma | 5 | 14 | 70 |
| Dinleme ve anlamlandırma, gözlem/durumları işleme, eleştirel düşünme, soru geliştirme | Tartışmalı Ders | 1 | 14 | 14 |
| Ödev 1 | Ödev 1 | 15 | 1 | 15 |
| Ödev 2 | Ödev 2 | 15 | 1 | 15 |
| Ara Sınav 1 | Ara Sınav 1 | 15 | 1 | 15 |
| Final | Final | 20 | 1 | 20 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 191 | |||
| AKTS = Toplam İş Yükü (Saat) / 25.5 (s) | 7,49 | |||
| AKTS | 3,0 | |||
| Hafta | Konu | Öğretim Metodu |
|---|---|---|
| 1 | Filogenetik ağaçların karşılaştırılması | Ders Tartışmalı Ders |
| 2 | Yaşam Ormanında merkezi bir eğilim arayışı, | Tartışmalı Ders |
| 3 | Genomik Çağdaki Hayat Ağacı Krizi | Tartışmalı Ders |
| 4 | Yaşam Ormanı'nın analizi için biyoinformatik pipeline | Tartışmalı Ders |
| 5 | Hayat Ormanındaki Eğilimler | Tartışmalı Ders |
| 6 | HGT (yatay gen transferi) olayları | Tartışmalı Ders |
| 7 | Ara sınav | Tartışmalı Ders Problem Çözme |
| 8 | Tutarlı bir filogenetik sinyal içeren NUT'lar (yaklaşık evrensel ağaçlar) | Ders Tartışmalı Ders |
| 9 | NUT'lar FOL'e (yaşam ormanına) karşı | Ders Tartışmalı Ders |
| 10 | Büyük ölçekli genomik değişikliklerin tarihini yeniden yapılandırma | Ders Tartışmalı Ders |
| 11 | Biyolojik sorular ve hesaplama zorlukları | Ders Tartışmalı Ders |
| 12 | Karşılaştırmalı genomik ve ata genomu rekonstrüksiyonu | Ders Tartışmalı Ders |
| 13 | Filogeni problemleri | Ders Tartışmalı Ders |
| 14 | Filogenetik tahmin: optimizasyon problemleri, sezgisel ve performans analizi | Ders Tartışmalı Ders |
| Ders Öğrenme Çıktısı | Ölçme Değerlendirme | Öğretim Metodu | Öğrenme Faaliyeti |
| Transkriptom Analizi ve kullanım amacını öğrenir. Dizi Hizalama ve Eşleştirme yapabilir. | |||
| Üç Boyutlu Protein Analizi ve Protein mühendisliği hakkında bilgi sahibidir. Motif Analizi ve kullanım amacını bilir. | |||
| Filogenetik Analiz Yöntemleri ve Algoritmalar hakkında bilgi sahibidir. | |||
| Birlikte Türleşme Analizi ve Büyük ölçekli veri Setlerinin Analizi hakkında bilgi sahibidir. | |||
| Güncel Biyoinformatik Yazılımları ve kullanım alanlarını bilir. | |||
| Biyoinformatik veri tabanları ve amaca yönelik veri tabanı kullanımını öğrenir. | |||
| Karşılaştırmalı Genomik Analiz Yöntemlerini öğrenir Gen Bulma ve Dijital Klonlama nedir ve nasıl yapılır öğrenir. | |||
| Birlikte Türleşme Analizi ve Büyük ölçekli veri Setlerinin Analizi hakkında bilgi sahibidir. | |||
| Güncel Biyoinformatik Yazılımları ve kullanım alanlarını bilir. |
DERS ÖĞRENME ÇIKTISI |
PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transkriptom Analizi ve kullanım amacını öğrenir. Dizi Hizalama ve Eşleştirme yapabilir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Üç Boyutlu Protein Analizi ve Protein mühendisliği hakkında bilgi sahibidir. Motif Analizi ve kullanım amacını bilir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Filogenetik Analiz Yöntemleri ve Algoritmalar hakkında bilgi sahibidir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Birlikte Türleşme Analizi ve Büyük ölçekli veri Setlerinin Analizi hakkında bilgi sahibidir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Güncel Biyoinformatik Yazılımları ve kullanım alanlarını bilir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Biyoinformatik veri tabanları ve amaca yönelik veri tabanı kullanımını öğrenir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Karşılaştırmalı Genomik Analiz Yöntemlerini öğrenir Gen Bulma ve Dijital Klonlama nedir ve nasıl yapılır öğrenir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Birlikte Türleşme Analizi ve Büyük ölçekli veri Setlerinin Analizi hakkında bilgi sahibidir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Güncel Biyoinformatik Yazılımları ve kullanım alanlarını bilir. | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ;
| Ortalama Değer | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
