Üniversiteye ilk defa kayıt yaptıran öğrencilere uygulanan yabancı dil seviye tespit sınavından en az 50 puan alan öğrenciler, temel yabancı dil derslerinden muaf tutulurlar. Ayrıca, ilgili kurullar tarafından belirlenen diğer derslerin muafiyet sınavlarından da en az 50 puan alan öğrenciler, bu derslerden muafiyet hakkı kazanırlar. Bu durumda olan öğrencilerin başarı notları, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Lisans Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği’nin 23. maddesinin birinci fıkrasının (b) bendine göre belirlenir. Daha önce bir yükseköğretim programında örgün eğitimde öğrenci olarak kayıtlı bulunan ve Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi tarafından yapılan sınavla üniversiteye kayıt yaptıran öğrenciler, almış oldukları derslerden muafiyet talep edebilirler. Bu talebin yapılabilmesi için, öğrencilerin üniversiteye ilk kayıt tarihinden itibaren on beş gün içinde, not durum belgesi, ders içerikleri ve bir dilekçe ile ilgili dekanlığa/müdürlüğe başvurmaları gerekmektedir. Öğrencilerin, önceki yükseköğretim kurumunda başarılı oldukları ve eş değerliliği ilgili kurullar tarafından onaylanan derslerden aldıkları notlar, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Lisans Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği’nin 23. maddesi çerçevesinde başarı notuna dönüştürülür. Muafiyet işlemleri esnasında karşılaşılan güçlükler nedeniyle, muafiyetin ifade edildiği notlar harf notu olarak CC’ye dönüştürülür; öğrenciler bu durumu kabul etmemeleri halinde ilgili dersi/dersleri yeniden almak zorunda kalacaklardır. Eşdeğerliği kabul edilen ders sayısına bağlı olarak, hangi sınıfa intibak yapılacağı ilgili mevzuat hükümleri çerçevesinde ilgili kurulların kararı ile belirlenir. Üniversiteye yatay geçiş yoluyla kayıt yaptıran öğrenciler, önceki yükseköğretim kurumlarında örgün eğitimde aldıkları ve eşdeğerliği ilgili kurullar tarafından kabul edilen derslerden, aldıkları notlarla birlikte muafiyet talebinde bulunabilirler. Bu derslerin başarı notlarına dönüştürülmesi, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Lisans Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği’nin 23. maddesindeki esaslara göre yapılır. Dikey geçiş yoluyla üniversiteye kayıt yaptıran öğrenciler için, eşdeğerliği kabul edilen derslerin intibakı, ilgili kurullar tarafından belirlenir. İntibak yapılan derslerden, öğrencilerin daha önce örgün eğitimde aldıkları notlar, yine aynı yönetmelik çerçevesinde başarı notuna dönüştürülür. Dikey geçiş ile lisans programlarına yerleşen ve halen kayıtlı olan öğrencilerin lisans not ortalamaları, önlisans programındaki dersler ile lisans programında intibakı yapılan derslerin notları üzerinden hesaplanır.